O Pantanal é um dos mais valiosos patrimônios ambientais do mundo, com exuberante e rara beleza. Seus recursos, bens e serviços ambientais custam, pelo menos, 112 bilhões de dólares por ano, segundo recente estudo feito pelo pesquisador da Embrapa Pantanal, Andre Steffens Moraes. Localizado entre Brasil, Bolívia e Paraguai, é regido pelo ciclo das águas, através dos movimentos de cheia e seca anuais dos rios, chamados "pulsos de inundação".
É o reino das águas doces, das chuvas, das nascentes do planalto e das regiões subterrâneas (aquíferos). Numa delicada e perfeita ópera, as águas regem a vida das pessoas, da fauna e da flora. Quando os rios recebem ao mesmo tempo tanta água, aumentam de volume e, por até oito meses do ano, os animais são forçados a migrar para partes mais altas, as cordilheiras ou capões. As águas dos rios, que insistem em transbordar, preocupam ribeirinhos, proprietários de terras, estudantes, professores, bichos e plantas. Todos precisam acompanhar o ritmo das águas.
Considerada a maior planície alagável do mundo, o Pantanal não é propriamente um bioma ou ecossistema único, mas uma região de encontro, um elo de ligação entre Cerrado, Chaco, Amazônia, Mata Atlântica e Bosque Seco Chiquitano. Essa característica favorece a diversidade de espécies (biodiversidade), e a interação entre fauna e flora.
Os relictos de Caatinga, vegetação semelhante à Caatinga - presentes nas partes mais altas do Pantanal, como cordilheiras e morros, são testemunhas vivas da vegetação pré-histórica da região, que sobreviveu à última Era do Gelo (período Pleistoceno).
Há 60 milhões de anos atrás, o Pantanal era uma região elevada, resultado da formação da Cordilheira dos Andes, que sofreu rupturas, dando origem à depressão pantaneira. Durante muito tempo essa depressão recebeu centenas de metros de sedimentos, formando a atual paisagem.
Registros e fósseis de animais pré-históricos do período Pleistoceno (entre 10 mil e 1,6 milhão de anos atrás) foram encontrados na bacia hidrográfica que forma o Pantanal, entre eles o bicho-preguiça gigante (Megatherium eEremotherium), que tinha até 3 metros de altura, e o tigre dente-de-sabre, cujos caninos mediam até 30 centímetros de comprimento. No rio Paraguai também foram encontrados ossos de um cavalo primitivo extinto (Equus pantanensis), o verdadeiro cavalo pantaneiro.