Na Bacia do Alto Paraguai, o clima é quente e sub-quente, com regime de chuvas úmido e sub-úmido. O período de seca pode variar entre três, quatro ou até cinco meses (GEF - Pantanal Alto Paraguai). As temperaturas médias anuais variam entre 22,5ºC e 26,5ºC, sendo que novembro é o mês mais quente, com temperatura média de 27ºC, enquanto julho é o mais frio (média de 21ºC).
Nas cidades pantaneiras faz calor na maior parte do ano, tanto que Corumbá e Cuiabá são conhecidas pelas altas temperaturas, que variam de 27ºC a 40ºC. Apesar das inundações anuais, o clima no Pantanal é comparado ao semi-árido, como da Caatinga nordestina. Em diversos locais da planície chove pouco durante o ano.
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