Tuiuiu, um exemplo de ave do pantanal.
Os períodos de secas e cheias modificam radicalmente as paisagens. Durante metade do ano as águas sobem e os animais não são avistados com frequência. Como estão adaptados à condição, refugiam-se nas áreas não-inundáveis, como as cordilheiras e capões. Já nos seis meses de seca, a fauna é encontrada facilmente. Os animais amontoam-se ao redor das lagoas para se alimentar dos peixes e plantas.
Vários animais frequentes na planície pantaneira estão na lista oficial dos animais ameaçados de extinção. Entre eles cervo-do-pantanal, lobo-guará, arara-azul, ariranha e a onça-pintada. Em outras regiões do Brasil esses animais foram praticamente extintos, mas no Pantanal são vistos com frequência. Só em Mato Grosso do Sul, estado brasileiro com a maior área do Pantanal, estão na lista oficial dos animais extinção 37 espécies. Entre as que desapareceram está a arara-azul-pequena.
Entre os animais mais ameaçados está a onça-pintada, animal de grande porte que necessita de amplo território para viver. O felino disputa com fazendeiros o espaço e não é bem-vindo, porque muitas vezes ataca rebanhos de gado para se alimentar, causando prejuízos econômicos. A diminuição das matas densas do Pantanal gera uma grande pressão aos hábitats e pode causar a extinção de espécies da fauna.
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