Atualmente, devido à substituição natural de campos alagáveis por plantas invasoras arbustivas e arbóreas, está ocorrendo uma pressão sobre as cordilheiras, de modo a aumentar a pastagem de gado durante as cheias. Esta estratégia de manejo reduz oshábitats de populações de animais silvestres, que dependem das cordilheiras como refúgios durante as enchentes. Os animais tornam-se mais vulneráveis a caçadores.
Com o aumento das pressões econômicas como, por exemplo, de produção de álcool e outros biocombustíveis, incentivando monoculturas de cana e soja, além da expansão da pecuária e o incremento da demanda por ferro e aço para a China (que resulta em crescimento dos desmatamentos de florestas do Cerrado e Pantanal para produção de carvão vegetal para siderúrgicas), a conservação do Pantanal está em jogo.
O desmatamento de extensas áreas de vegetação nativa já devastou 40% da área total da Bacia do Alto Paraguai no Brasil, além de acabar com cerca de 17% da cobertura vegetal original do Pantanal, principalmente para a criação de novas áreas de pastagens e agricultura. Uma projeção feita pela entidade Conservação Internacional do Brasil alerta que, se for mantido o atual ritmo dos desmatamentos, o Pantanal estará devastado até o ano de 2050.
A degradação é preocupante não apenas na planície da bacia hidrográfica, mas principalmente no seu entorno, em áreas mais elevadas (planalto), onde alterações nas florestas nativas (como Cerrado e Chaco) já afetam os rios que formam o Pantanal, causando a aceleração de processo de assoreamento em praticamente todos os principais rios da região.
O sucessivo avanço da monocultura de soja, de cana-de-açúcar e da pecuária extensiva provocou acelerados processos de degradação ambiental e desagregação social na região, além de altos índices de erosão e assoreamento, como na Bacia do rio Taquari e, mais recentemente, na Bacia do rio Miranda. A pesca predatória e o tráfico de animais silvestres também estão também são considerados problemas ambientais graves do Pantanal.
Do planalto ainda chegam para os cursos d'água, carreados pelas chuvas, descargas de pesticidas e fertilizantes usados nas monoculturas. Regiões como as nascentes do rio Paraguai, onde está o berço do Pantanal Mato-grossense, ainda concentram atividades econômicas de potencial poluidor, como o garimpo.
Os esgotos clandestinos e sem tratamento também causam grande impacto nas águas, na saúde humana e na fauna e flora pantaneira.
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