O Pantanal é uma das maiores planícies de sedimentação do mundo. Sua planície, levemente ondulada, pontilhada por raros morros isolados e rica em depressões rasas têm seus limites marcados por variados sistemas de elevações, como chapadas, serras e maciços. É cortado por grande quantidade de rios, todos pertencentes à Bacia do Rio Paraguai.
As terras altas do entorno, muitas delas de origem sedimentar ou formadas por rochas solúveis e friáveis, continuamente erodidas pela ação do vento e das águas, fornecem grande quantidade de sedimentos que são depositados na planície, num processo contínuo de entulhamento. Formam-se assim terrenos de aluvião, muito permeáveis, de composição argilo-arenosa.
Nas regiões de altitude intermediária, onde o solo é arenoso e ácido e a água é retida apenas no sub-solo, encontra-se vegetação típica de cerrado. Os elementos predominantes neste tipo de formação são as árvores de porte médio, de casca grossa, folhas recobertas por pêlos ou cera e raízes muito profundas. Elas se distribuem não muito próximo umas das outras, entremeadas de arbustos e plantas rasteiras, representadas por inúmeras espécies de ervas e gramíneas.
Na época da seca, como proteção contra a dessecação, muitas árvores e arbustos perdem totalmente os ramos e folhas. Outros limitam-se a derrubar as folhas, mas os ramos persistem e podem florescer. Nessa época, é comum a prática de queimadas nas fazendas, para limpar o campo das partes secas da vegetação. Realizada de maneira controlada, a queimada não é de todo prejudicial, como seria em outros ambientes, pois estimula o rebrotamento de muitas plantas do cerrado. No entanto, se o fogo se alastrar repentinamente por outras áreas, muitos animais e vegetais poderão ser sacrificados. Assim, essa prática só será aconselhável se puder ser executada com bastante cuidado.
Em regiões mais baixas e úmidas, onde as gramíneas predominam, encontram-se os campos limpos, pastagens ideais para a criação do gado que lá convive em harmonia com muitas espécies de animais silvestres.
Em pequenas elevações, quando o solo é rico, encontram-se capões de mato formados por árvores de porte elevado, como aroeira, imbiruçu, angico, ipês. Durante as chuvas, a maioria dos campos limpos é inundada, mas os capões permanecem secos.
Margeando os rios, encontram-se as matas-ciliares ou matas-galeria, com larguras variáveis. São formadas por vegetais de grande e médio porte, intercalados por arbustos e ricas em trepadeiras ou lianas. Entre as espécies vegetais mais comuns nessas matas estão o tucum, o jenipapo, o cambará e o pau-de-novato.
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