Os rios sinuosos, cheios de curvas, e algumas formações rochosas, como a Serra do Amolar (na fronteira com a Bolívia) e o Fecho dos Morros, em Porto Murtinho (fronteira com o Paraguai), diminuem ainda mais a velocidade das águas, forçando os rios a transbordar e inundar imensas áreas da planície.
Ao mesmo tempo em que a água transborda, especialmente do rio Paraguai - principal leito que dá nome à bacia hidrográfica* que forma o Pantanal -, leva nutrientes para as pastagens e matas nativas.
Na cheia, os peixes se reproduzem em lagoas ou corixos, canais temporários com águas mais calmas. Assim, atraem inúmeras espécies de aves, mamíferos, répteis, anfíbios e borboletas, contribuindo para o contínuo movimento da cadeia alimentar. Apesar de as chuvas (principalmente no planalto) ocorrerem na região entre dezembro e fevereiro, é de maio a julho que as águas atingem nível máximo na planície.
Quando os rios começam a baixar, na vazante (seca), as águas que inundavam a planície retornam aos leitos principais dos rios, deixando muitos organismos aquáticos nas lagoas pantaneiras, que geralmente são rasas. Ali, formam-se ninhais de aves migratórias que vivem em colônias.

A estreita relação entre a planície (Pantanal) e o planalto da BAP garante o funcionamento dos ecossistemas e favorece o desenvolvimento de atividades turísticas e exploração econômica. Porém, políticas e processos de grande impacto de uso e ocupação dos solos têm sido tão intensos que descaracterizaram partes significativas da vegetação de planalto e avançam para a planície.
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